Hicrî 988, miladî 1580 yılı...
Osmanlı’nın ilim, mimari ve maneviyatta dorukta olduğu bir dönemde,
Tophane rıhtımının kenarında yükselmiştir bu zarif yapı.
Sadece bir cami değil; bir külliye olarak düşünülmüş,
içine türbe, medrese ve hamam da katılarak bütüncül bir manevî merkez hâline getirilmiştir.
Mimarisinde, Ayasofya’nın etkisi açıkça hissedilir.
Kubbenin iki yanındaki yarım kubbeler, diğer yanlardaki kemer ve duvarlar,
sanki bu mabedi, Ayasofya’nın küçük bir kardeşi kılmak istemiştir.
Mihrap cephesinde yer alan İznik çinileri ise dönemin sanat anlayışını yansıtan nadide örneklerdendir.
Camiye estetik bir ruh katan hatlar, Karahisari Ekolü’nün son temsilcisi olarak kabul edilen
Hattat Demircikulu Yusuf Efendi’nin kaleminden çıkmıştır.
2011 yılında kapsamlı bir restorasyon sürecinden geçmiş,
ve 2015 yılında külliyenin diğer bölümleri de aslına uygun olarak ihya edilmiştir.
Bugün hâlâ yerli ve yabancı ziyaretçilerin uğrak noktası olan bu cami,
karşısında yer alan Tophane Çeşmesi ve avlusundaki şadırvanıyla
bir huzur durağı, bir zaman köprüsü gibidir.
Bahçesinde yer alan Levent Kabristanı'nda en dikkat çeken mezarlardan biri,
yelkenli ve kırık direkli lahdiyle
Kaptan-ı Derya Ateş Mehmet Paşa’ya aittir.
Ve bu camiyle ilgili gönüllerde yankılanan o meşhur rivayet:
Kılıç Ali Paşa, cami inşa etmek istediğinde Sultan III. Murad’dan yer ister.
Sultan da ona, "Denizciysen, denize yap camini," der.
Ve Paşa, Sinan’a döner; taş taş üstüne, moloz moloz üzerine koyarak
rıhtıma bir yürek gibi yerleştirir bu mabedi.
Bu yüzden
Kılıç Ali Paşa Camii,
“deniz üzerine inşa edilen ilk cami” olarak anılır halk arasında.